15 мая 2004 года, в праздник перенесения мощей благоверных Российских князей и страстотерпцев Бориса и Глеба, Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II совершил Божественную литургию на территории Бутовского полигона, ставшего местом мученической кончины множества православных архипастырей, пастырей и мирян, за веру Христову пострадавших. Его Святейшеству сослужили сонм архиереев Русской Православной Церкви, сотни клириков московских и подмосковных храмов. На богослужении присутствовали Первоиерарх Русской Православной Церкви Зарубежом Митрополит Восточно-Американский и Нью-Йоркский Лавр, сопровождающие Митрополита Лавра архиепископ Берлинский и Германский Марк, архиепископ Сан-Францискский и Западно-Американский Кирилл, епископ Бостонский Михаил, а также другие члены делегации Зарубежной Церкви.
По традиции, богослужение, за которым молилось несколько тысяч верующих, было совершено под открытым небом возле деревянной церкви во имя Новомучеников и Исповедников Российских, после чего Святейший Патриарх Алексий совершил молебное пение российским Новомученикам. За заупокойной литией Святейший Патриарх Алексий вознес молитву «об упокоении приснопоминаемых рабов Божиих за веру и правду в годы лихолетия и гонения на Церковь Христову страшные страдания и истязания претерпевших и на месте сем жизни своя мученически скончавших и кровию своею его обагривших, архипастырей, пастырей, монашествующих и мирян их же имена Ты Сам Господи веси».
По завершении богослужения к верующим с Первосвятительским словом обратился Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II
Затем состоялся Крестный ход к месту закладки каменного храма во имя Новомучеников и Исповедников Российских, который возглавил Его Святейшество. Совершив молебен на основание храма, Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II заложил в фундамент храма и престола краеугольный камень и капсулу с Патриаршей грамотой, в которой говорится: «Во славу Святой, Единосущной, Животворящей и Нераздельной Троицы Отца и Сына и Святого Духа Нами, Патриархом Московским и всея Руси Алексием II, в 14-е лето нашего Первосвятительского служения заложена сия капсула в благословение построения храма в честь Новомучеников и Исповедников Российских, что в Бутове, в лето от Рождества Христова 2004-е, месяца мая 15-го дня, память святых благоверных Российских князей и страстотерпцев Бориса и Глеба».
В закладке нового храма в Бутово приняли участие Митрополит Лавр, сослужившие Предстоятелю Русской Православной Церкви архиереи, а также представители Государственной Думы Российской Федерации.